Dưới quyền cai quản của Nguyễn Văn Giai, triều đình Lê trung hưng còn giữ được sự thống nhất nội bộ, mặc dầu xu hướng suy thoái đã không tránh được. Tuy không ngăn cản được Trịnh Tùng giết vua Lê Kính Tông vào năm 1619 nhưng ông ra sức nắm cương triều chính, không để xảy ra chuyện lục đục, năm bè bảy mảng. Khi có những mâu thuẫn tranh chấp giữa hai con Trịnh Tùng là Trịnh Tráng và Trịnh Xuân, Nguyễn Văn Giai đã cố sức dập tắt, cuối cùng bắt được Xuân về cho Tùng trị tội, nhờ đó các thế lực phản loạn bị dẹp yên.

Để chia bớt quyền hành của chúa Trịnh, ông đã có sáng kiến lập ra Phủ Thừa tướng bên cạnh Phủ chúa, ngấm ngầm bảo vệ vua Lê.

Nguyễn Văn Giai nổi tiếng là người thanh liêm, tự ông nêu gương cho các quan noi theo, ngay cả chúa Trịnh cũng kiềng nể. Gia phả còn chi lại lời ông răn bảo triều thần: Ta giữ việc triều chính cốt cho liêm chính, không nhận hối lộ của bất kỳ ai. Người có tài đức thì phải biết trọng dụng; ai có lỗi lầm phải biết lựa lời can ngăn; ai oan uổng phải biết cứu xét phân minh cẩn trọng và bênh vực; kẻ nghèo khó phải ra tay giúp đỡ. Không nên làm những điều bất chính để tích trữ vàng ngọc làm giàu; phải biết tu nhân tích đức cho đời sau con cháu vậy. Nhưng ông cũng là người mang tư tưởng chính thống cứng nhắc, đem tài sức mình dựng lại một thế lực thực tế đã mất vai trò lịch sử.

Bài thơ Tự trào

Ông còn là một nhà thơ Nôm nổi danh, có cái cười trào tiếu và triết lý thâm thúy về mọi sự ở đời, tuy số lượng thơ để lại không nhiều.

Ba vua, bốn chúa, bảy thằng con,Trên chửa lung lay, dưới chửa mòn.Công nghiệp chưa thành sinh cũng uổngQuan tài sẵn đó chết thì chôn.Giang hồ, lang miếu, trời đôi ngả,Bị gậy, cân đai, đất một hòn.Cũng muốn sống thêm dăm tuổi nữa,Sợ ông Bành Tổ tống đồng môn

Nhà nghiên cứu Ngô Vui cho rằng đây không phải là thơ Tự trào của Nguyễn Văn Giai mà là bài thơ ông viết về chúa Trịnh Tùng và người anh Trịnh Cối. Theo quan điểm này, bài thơ ra đời năm 1623 là năm Trịnh Tùng mất, nếu điểm lại trong đời Nguyễn Văn Giai sống qua thì có 3 vua Lê Thế Tông, Lê Kính Tông và Lê Thần Tông và chỉ 2 đời chúa là Trịnh Tùng và Trịnh Tráng, không thể là "bốn chúa" như trong câu đầu. Nếu đặt vào địa vị Trịnh Tùng, thì có thể hiểu 3 vua là Lê Thế Tông, Lê Kính Tông và Lê Thần Tông, còn "bốn chúa" là 4 vua nhà Mạc, mà trong con mắt Trịnh Tùng không xem là "vua", gồm Mạc Mậu Hợp, Mạc Toàn, Mạc Kính Chỉ, Mạc Kính Cung. Cả bốn vị vua Lê và 4 "chúa" họ Mạc đều nhỏ tuổi so với Trịnh Tùng (người lớn tuổi nhất là Mậu Hợp cũng kém ông hơn 10 tuổi), bị Trịnh Tùng xem thường như hàng con nít, nên gọi chung họ là "7 thằng con"[7].

Câu 2 "Trên chửa lung lay, dưới chửa mòn" ám chỉ cơ cấu thể chế lưỡng đầu mà Trịnh Tùng khởi đầu cho họ Trịnh: họ Trịnh và họ Lê dựa vào nhau cầm quyền, cùng mạnh cùng yếu[8]. Câu 3 và 4 nói về Trịnh Cối tự bỏ hỏng cơ nghiệp, bị dồn vào "đất chết" buộc phải hàng kẻ thù là nhà Mạc. Câu 5 và 6 nói về thân phận trái ngược của 2 anh em, 2 người hai con đường, Trịnh Cối phải đi ở nhờ kẻ thù như kẻ “bị gậy” và cuối cùng chết ở đất nhà Mạc. Hai câu cuối nói về vị chúa vừa qua đời Trịnh Tùng[9].